MICROBIOLOGIE APPLIQUEE
Université Claude Bernard - LYON I
MICROBIOLOGIE & ENVIRONNEMENT
Dans le cadre de ses activités de Recherche
et Développement
et de formation à distance le
DESS de Microbiologie
vous présente quelques projets qu'il a mené à bien....
2002-2003
A l'occasion du salon Pollutec, la promotion 2002-03 du DESS
de Microbiologie de l’Université de Lyon I a effectué des
recherches sur différents thèmes et vous propose quelques points
de repères.
Afin d’accéder aux sites Internet traitant de chacun de ces
sujets, cliquez sur le thème désiré :
• Bacillus thuringiensis (Bt)
• Biocapteurs
• Biodégradation des composés gazeux polluants
et malodorants
• Biopuces à ADN
• Biosurfactants
• Caractérisation des souches dans
l’environnement
• Elimination de déchets et production
d’énergie par co-fermentation
• Elimination des métaux lourds
• Energies propres
• Extrêmophiles et environnement
• Lisier de porc
• Micro-organismes et industrie minière
• Micro-organismes pathogènes et environnement
• Micro-organismes et pollution : bioconversion
et biodégradation
• Organismes Génétiquement Modifiés
(OGM)
• Phytorestauration/Phytostimulation
• Traitements biologiques des sols
De nombreux sites en rapport avec le salon Pollutec ont également été
répertoriés. Ils concernent les entreprises impliquées,
la réglementation, la recherche, les brevets …
Afin d’accéder à ces différents sites, cliquez
ici et bon voyage...
perrier@agroalimentaire.net
Bacillus
thuringiensis (Bt)
• Annales
de l'Institut Pasteur Actualités
La lutte bactériologique contre les insectes. Bt et l’agriculture.
Des bactéries génétiquement modifiées par introduction
de gènes de Bt. Des plantes transgéniques munies de toxines
de Bt. Des bactéries recombinantes actives contre les vecteurs de
maladies.
• The Microbial
World
Présentation de Bt (mode d'action et historique) et des différents
applications possibles avec les plantes. Nombreux liens vers d'autres sites
relatifs à la lutte biologique.
• CIRAD
(Centre de coopération Internationale en Recherche
Agronomique
pour le Développement)
La lutte chimique contre les ravageurs des cultures s'est révélée
très efficace dans bien des situations. Cependant, elle atteint
rapidement ses limites avec l'apparition de résistances et de nuisances
environnementales. Le Cirad aide les décideurs et les producteurs
à gérer ces risques en développant des techniques
d'avertissement, des modes d'application mieux ciblés, et en diversifiant
les méthodes de contrôle des ravageurs. Depuis plus de cinq
années, il s'intéresse aux propriétés insecticides
des protéines de la bactérie Bacillus thuringiensis.
Biocapteurs
• La
Recherche, n°312, Septembre 1998
Qu'est-ce qu'un biocapteur ? Site payant !
• CORDIS
(Community Research and Development
Information
Service)
Exemple de Biocapteurs enzymatiques (application agro-alimentaire),
détection du taux de sucre et des acides dans les fruits frais.
• 7e congres mondial des
biocapteurs
Resumés des presentations (anglais).
• Cranfiel
University
Passe, present et futur des biocapteurs (anglais).
• Université
de Postdam
Biocapteurs: reve ou realite.
• Bioweb
Biocapteurs portables.
• Ministère
de l'industrie
Les biocapteurs : les instruments d'analyse de la prochaine décennie.
• Université
lyon 1
Exemple d'un brevet déposé par Messieurs PERRIER et JACOB.
Biodégradation
des composés gazeux polluants et malodorants
• Laboratoire
de Biotechnologie Environnementale, Marc Deront
Traitement d’effluents gazeux chargés en composés organiques
volatiles par biofiltration (Rubriques «projets actuels» ou
«overview»).
• Enviro-Accès(un
comité d’experts au service de l’industrie environnementale)
Descriptif de procédé biologique d’épuration mis
au point par AirScience.
Biopuces
à ADN
• BioMérieux
SA France
Les avantages des puces à ADN dans le contrôle de l’eau;
le partenariat avec la société américaine United Water;
le contrôle de la qualité de l’eau en France aujourd’hui.
• Thierry Vivier
et Florian Convers
Historique, fonctionnement et applications possibles des puces à
ADN (Références des articles pour l’élaboration du
dossier).
• Société Affymetrix
(US, Californie)
Rubrique « Technology » : Renseignements sur la fabrication
des puces et leur utilisation.
Rubrique « Publications » : Applications des puces à
ADN et références.
Biosurfactants
• The Westford Chemical Corporation
Une combinaison de l'industrie chimique et microbiologique : L'utilisation
de biosurfactants et de micro-organismes avec le produit BioSolve.
• University
of Arizona
Présentation de travaux de recherche sur les biosurfactants et
la remédiation des métaux.
• University
of Montana
Comparaison Biosurfactant/Non-Biosurfactant sur la remédiation
du phénanthrène.
Caractérisation
des souches dans l’environnement
• Bioweb
Cartes d’identité moléculaire des hôtes du sol.
Mise en œuvre de nouvelles méthodes pour détecter
les bactéries du sol ; utilisation de sondes fluorescentes.
• Diffchamb France SARL
Méthodes immunoenzymatiques pour la détection de microorganismes.
• Indo
European Workshop
Utilisation de l’analyse SSCP pour la détection de microoganismes.
• Université
de Princeton
Analyse SSCP et DGGE : principe, avantages et limites.
Elimination
de déchets et production d’énergie par co-fermentation
• Bioweb
Production d’énergie à partir de la co-fermentation de
boues d’épuration et de déchets de matières grasses.
Elimination
des métaux lourds
• EnviroLab,
le laboratoire de l’environnement (Canada)
La biotechnologie au service de l'industrie minière.
• La Recherche,
(n°312, Septembre 1998)
Extraction du cobalt par voie bactérienne. Site payant !
• 66°
congrès de l’ACFAS (Association Canadienne-Française
pour l’Avancement des Sciences)
Biolixiviation des métaux lourds dans les boues de station d'épuration
municipale : effets de l'aération.
• CNRS
Des bactéries qui précipitent l'arsenic.
• Bulletin
de Biominet
La Biotechnologie dans les mines, extraction des métaux lourds,
lixiviation bactérienne.
• NRCan
(Natural Ressources Canada)
La Biotechnologie dans l'industrie minière.
Energies
propres
• QUID
(Encyclopédie)
Biomasse ou énergie verte : moyens de production, intérêt
et impact économique. Egalement les autres énergies propres
telles que le solair, la géothermie...
• APERe
(Association pour le Promotion des Energies Renouvelables)
L'APERe est une association indépendante active en Belgique depuis
1991. Elle a pour mission de produire, centraliser, relayer et diffuser
de l'information sur les énergies renouvelables (ER), dans le cadre
de la maîtrise de l'énergie.
Extrêmophiles
et environnement
• Ifremer
de Brest
Bactéries des grands fonds. Ces dernières pourraient apporter
d’intéressantes solutions au traitement de certains déchets.
• Daniel
Prieur, Professeur à l’université de Bretagne occidentale
(UBO)
Travail sur les bactéries des grands fonds océaniques.
• Université
d’Edimbourg
Organismes thermophiles, fourchettes de températures.
• Labo
Bugs
Des enzymes et des bactéries au service de la dépollution.
Traitement biologique des déchets sur place, évitant les
problèmes possibles lors de l'incinération : transport, émanation
de dioxines...
• IBS
(Institut de Biologie Strucurale)
Dynamique des systèmes extrémophiles.
• Département
de microbiologie de l’Université de Nijmegen (Pays-Bas)
Photos d’extrêmophiles.
Lisier
de porc
• Innovalor
Portail de l'innovation.
• Centre
de recherche industriel du Québec
Utilisation d’un biofiltre pour traiter la fraction liquide du lisier
de porc.
• ENSAM et
INRA Narbonne
Valoriser les travaux de recherche effectués sur le traitement
de l'azote et du carbone organique dans les lisiers (dénitrification
et méthanisation).
Micro-organismes
et industrie minière
• CNRS
Des bactéries qui précipitent l'arsenic.
• Ministère
de l'Aménagement du Territoire et de l'Environnement
Traitement écologique des résidus miniers acides.
• Ressources
Naturelles Canada - BIOMINET
Des microbes thermophiles facilitent la production d'or (récupéré
à la fin par le procédé classique de cyanuration).
• Voir également la partie de se site relative à l'Elimination
des métaux lourds
Micro-organismes
pathogènes et environnement
• Institut
Pasteur
Classification des agents pathogènes.
• Bureau
de la sécurité des laboratoires (Canada)
Fiches techniques santé/sécurité - agents infectieux
Micro-organismes
et pollution : bioconversion et biodégradation
• Ministère
de la culture et de la communication
Colonisation des matériaux en pierre par les microorganismes
sulfatoréducteurs.
• Université
de Picardie
Les divers mécanismes de bioconversion des canalisations par
différents types de bactéries (méthanogènes,
ferrobactéries…) et influence des paramètres environnementaux.
Organismes
Génétiquement Modifiés (OGM)
• INRA
Principes de base de la transgénèse. Applications (plantes,
animaux, micro-organismes, aliments). Evaluation des OGM. Réglementation
et propriété intelectuelle.
Comment mesurer l'impact sur l'environnement des plantes transgéniques?
Cas du colza, de la betterave, du maïs. Problèmes liés
au désherbage de cultures OGM résistantes à des herbicides
totaux. Études concernant l’impact de la transgénèse
sur la pyrale du maïs.
Phytorestauration/Phytostimulation
• S.I.N.T (Société d’Ingénierie Nature et Technique)
Tél. : 04 74 26 24 04
Phragmifiltre.
• National
Center for Environmental Research
Mécanismes-Critères pour sélection des sites/plantes
(selon types de polluants).
• UNEP
International Environmental Technology Centre
Phytoremédiation. Avantages-Inconvénients.
• Biosystems
Engineering – University of Hawaii at Manoa
Définition. Coût. Applications.
• Université
Laval - Québec, Canada
Description. Comparaison avec d’autres techniques. Phytoextraction.
Phytovolatilisation.
Phytorestauration des composés organiques.
Traitements
biologiques des sols
• FRTR (Federal Remediation
Technologies
Roundtable)
Liste de toutes les techniques de traitement de dépollution des
sols et de l’eau.
• Strategis,
Industrie Canada, Québec
Actualité des biotechnologies environnementales au Canada.
• Enviro-Access
(comité d’experts au service de l’industrie environnementale)
Bioventilation in situ de sols.
• INRA
Dégradation ou accumulation : que deviennent les pesticides au
sein des sols.
Voici
une liste non exhaustive d’autres sites :
Afin d’accéder à l’un d’entre eux, cliquez sur les liens
qui vous intéressent :
• Sites d’accueil
• Pôles et agences en Rhônes-Alpes
• Marchés
• Syndicats professionnels
• Grands organismes de recherche
• Propriété industrielle
• Sites institutionnels français
• Informations scientifiques et techniques
• Sites institutionnels régionaux
• Sites réglementaires
• Sites de grands groupes industriels
Sites
d’accueil :
Région Rhône-Alpes
ARTEB (Agence Rhône-Alpes
pour le développement des Technologies médiclaes et
des Biotechnologies)
Pôles
et agences en RA :
Présence Rhône-Alpes
ARATEM (Agence Rhône-Alpes
pour la maîtrise des Technologies Et des Mesures)
CDRA (Centre du Design
Rhône-Alpes)
ERAI (Entreprise Rhône-Alpes
International)
Marchés
:
CFCE (Centre
Français du Commerce Extérieur)
World Trade Center de Lyon
Coface : Informations sur la Coface,
sur ses produits d'assurance et leurs investissements internationaux.
INSEE (Institut National
de la Statistique et des Etudes Economiques)
Pages Espacenet du site de
l'INPI (Institut National de la Propriété
Industrielle)
Syndicats
professionnels :
EUCOMED Oganisme comprenant des
syndicats professionnels et protégeant les intérêts
de l'industrie Européenne.
http://www.edma-ivd.be/
EDMA (Association des Fabricants de Diagnostiques Européens)
est une organisation qui représente l'industrie du diagnostic in
vitro en Europe.
Grands
organismes de recherche :
http://www.cnrs.fr/
Site du CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique
http://www.inserm.fr/
Site de l'INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche
Médicale
http://www.inra.fr/
Site de l'INRA - Institut National de la Recherche Agronomique
http://www.cea.fr/
Site du CEA - Commissariat à l'Energie Atomique
http://www.inrets.fr/
Site de l'INRETS- Institut National de Recherche sur les Transports
et leur Sécurité
http://www.inria.fr/
Site de l'INRIA- Institut National de Recherche en Informatique et
en Automatique
http://www.pasteur.fr/
Site de l'Institut Pasteur
http://www.cneva.fr/
Site du Centre National d'Etudes Vétérinaires et alimentaires
Propriété
industrielle :
• Recherche de brevets:
http://www.inpi.fr/espacenet/
Pages Espacenet du site de l'INPI
http://patent.womplex.ibm.com/
Site d'IBM - Pages de recherche de brevets Ce site d'IBM permet une
recherche de brevets américains et
internationaux WIPO.
• Organismes:
http://www.inpi.fr/
Site de l'I.N.P.I
http://www.european-patent-office.org/index_f.htm
Site de l'Office Européen des Brevets.
http://www.cncpi.fr/
Site du CNCPI - Compagnie Nationale des Conseils en Propriété
Industrielle
Sites
institutionnels français :
http://www.recherche.gouv.fr/
Site du Ministère de l'Education nationale, de la Recherche
et de laTechnologie
http://www.anvar.fr/
Site de l'ANVAR - Agence Nationale pour la Valorisation de la Recherche
Informations
scientifiques et techniques :
• Sites généralistes :
http://www.adit.fr/
Site de l'ADIT- Agence pour la Diffusion de l'Information Technologique
• Revues scientifiques :
http://www.elsevier.fr/
Site des revues scientifiques Elsevier Recherche en ligne d'articles
récents Catalogue des revues.
http://www4.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/medline.html
Medline gratuit (pour la recherche d'articles scientifiques dans le
domaine médical)
• Sites institutionnels / Organismes :
http://www.cordis.lu/
Cordis: le site communautaire européen de la R&D
http://www.arist.rhone-alpes.cci.fr/
Site de l'ARIST Rhône-Alpes L'ARIST Rhône-Alpes est un
organisme spécialisé en veille technologique et
industrielle
Sites
institutionnels régionaux :
• Chambres de Commerce et d'Industrie :
http://www.rhone-alpes.cci.fr/
Site de la chambre régionale de commerce et d'industrie de Rhône-Alpes.
Sites
réglementaires :
• Réglementation française :
http://www.journal-officiel.gouv.fr/
Site des Journaux officiels français
• Réglementation européenne :
http://www.europa.eu.int/
Site de la Communauté
• Réglementation américaine :
http://www.fda.gov/
Site général de la FDA - Food and Drug Administration
• Normalisation :
http://www.afnor.fr/
Site de l'AFNOR - Association Française de Normalisation Recherche
en ligne de références de normes françaises
http://www.iso.ch/
Site de ISO - Organisation Internationale de Normalisation.
Sites
de grands groupes industriels :
A
http://www.aventis.com
Site d'Aventis Pasteur
B
http://www.biomerieux.fr
Site de Biomérieux
C
http://www-dsv.cea.fr/
CEA Direction des Sciences du Vivant
http://www.apave.com/
CETE - APAVE Lyonnaise
D
http://www.dnv.com/
DET NORSKE VERITAS France
E
http://www.ezus-lyon1.fr
EZUS Lyon 1
I
http://www.ec-lyon.fr/recherche/ifos/index.html
IFOS
http://www.ibcp.fr
Institut de Biologie et Chimie des Protéines (IBCP)
http://www.itf.fr/
Institut textile de France
http://www.ionisos.fr/
IONISOS
L
http://www.univ-lyon1.fr/ufr_chimie/laboratoires/ea1659.html
L.B.A.S.B (EA 1659)
http://www.ujf-grenoble.fr/RECHERCHE/labujf/rhap.phtml
Laboratoire Relations Hôte-Agents Pathogènes (RHAP)
M
http://www.emse.fr/ECOLE/FRENCH/SMS/smsbmts.htm
Mécanique des Biomatériaux et Traitements de Surface
P
http://www.promega.com/
PROMEGA France SARL